Llegada portuguesa y consolidación misionera (siglo XVI)
La expansión eclesiástica en el entorno de Bombay se vincula al asentamiento portugués. En 1534, los portugueses comenzaron a establecerse en Bombay y llegaron acompañados por franciscanos, que ampliaron el trabajo misionero mediante iglesias, monasterios y comunidades de conversos.
Cuando el poder político cambió, la obra religiosa continuó con continuidad institucional: al pasar la isla a manos inglesas en 1665, el trabajo siguió en manos de la misma orden religiosa y también del clero secular procedente de Goa.
Expulsión del clero goés y nacimiento del vicariato (1720)
En 1720, el gobierno expulsó al clero de Goa por razones políticas. La Santa Sede autorizó la reorganización y se invitó al vicario del Gran Mogol para asumir la atención de los católicos.,
Con el paso de los años, el clero goés intentó recuperar su posición ante las autoridades civiles, y la tensión jurisdiccional reapareció de forma recurrente.
Reorganizaciones misioneras y cambios de encargos (siglos XVIII-XIX)
Entre 1720 y 1854, el vicariato estuvo confiado a los carmelitas. Tras su renuncia, el vicariato se dividió: la parte norte, denominada Bombay, pasó a los capuchinos; la parte sur, llamada Poona, se confió a los jesuitas alemanes.
Poco después, también los capuchinos renunciaron y, en 1858, toda la misión Bombay-Poona pasó a manos de los jesuitas alemanes.,
El conflicto del padroado y la jurisdicción apostólica (hasta 1886)
La archidiócesis aparece profundamente marcada por el conflicto entre dos marcos: el padroado portugués, que sostenía derechos jurisdiccionales vinculados al patronato de Portugal, y los vicarios apostólicos bajo la autoridad de la Propaganda.,
Este enfrentamiento recibió el nombre, en la historiografía, de cisma goés o indo-portugués, y se prolongó hasta 1886. En ese año, el Santo Padre alcanzó un concordato con Portugal, con el que se cerró la controversia y se realizó una reordenación: toda la India quedó bajo una jerarquía plenamente constituida.,