La proyección cultural de Montpellier se entiende a través de su tradición académica. La historia de las escuelas que desembocaron en la facultad de artes no conserva una fecha única de fundación; algunos autores relacionaron su desarrollo con continuidades de escuelas galo-romanas.
El derecho tuvo una base institucional destacada con Placentino, doctor procedente de Bolonia, quien llegó a Montpellier en 1160, enseñó en distintos periodos y falleció en 1192.
La medicina contaba con figuras relevantes desde temprano: ya en 1137 existían médicos de reconocido nivel.
En 1220, el cardenal Conrado, legado de Honorio III, estableció el marco normativo que puso la escuela bajo la dirección del obispo de Maguelonne; luego Pierre de Conques completó esos estatutos en 1240.
La consolidación institucional de la universidad llegó con una bula de Nicolás IV en 1289, que reunió las escuelas en una universidad bajo la dirección episcopal, con un alto grado de autonomía real.
La teología se impartió al principio en los conventos, con presencia de figuras conocidas por la enseñanza doctrinal como san Antonio de Padua, Raimundo Lulio y el dominico Bernardo de la Treille. Dos cartas del rey Juan acreditaron que la teología se impartía en Montpellier también de manera independiente de esos conventos desde enero de 1350.
La institución canónica de esa facultad se vinculó más estrechamente con el derecho por medio de una bula de Martín V (17 de diciembre de 1421).
El siglo XVI mostró un descenso temporal de la teología debido al dominio calvinista de la ciudad bajo el reinado de Enrique II, mientras que la recuperación se conectó con el restablecimiento del poder real en 1622. Aun así, el conflicto entre dominicos y jesuitas afectó el desarrollo de la facultad, que se extinguió en el periodo de la Revolución.
Entre los discípulos y docentes ilustres se citan a Petrarca y, entre los maestros, a Guillermo de Nogaret (canciller de Felipe el Hermoso), a Guillermo de Grimoard (después papa con el nombre de Urbano V) y a Pedro de Luna (antipapa Benedicto XIII).