La diócesis de Portoviejo fue erigida en el contexto de la reordenación de la vida eclesiástica en Ecuador. Un documento pontificio de Pío IX, con fecha 23 de marzo de 1870, dispone la separación total de «Manabí» y «Esmeraldas» de la jurisdicción ordinaria de los obispos de Quito y Guayaquil, y crea una nueva diócesis llamada de Portoviejo. El texto identifica Portus Veteris con la «localidad» que recibe el nombre de Portoviejo y establece la ciudad como sede y residencia del obispo.
La Enciclopedia Católica sitúa la erección en 1871, y describe la jurisdicción sobre las provincias políticas de Manabí y Esmeraldas, además de la estructura parroquial y la vida diocesana.
En el itinerario eclesiástico del país, Quito ejerció un papel de referencia para la región: Pío IX elevó a Quito a sede metropolitana, y las diócesis de Cuenca y Guayaquil pasaron a ser sufragáneas, a las que después se incorporaron otras, entre ellas Portoviejo.