Primeros impulsos evangelizadores y tradiciones locales
La historia eclesiástica de Yucatán incluye relatos de gran antigüedad transmitidos por la tradición. La Enciclopedia Católica recoge una leyenda según la cual el anuncio cristiano habría llegado a la región incluso antes de la llegada española; vincula además a la región la celebración temprana de la primera Misa.
Dentro del marco de la conquista, la evangelización avanzó con expediciones y misiones, con participación de misioneros en torno a centros como Campeche y Mérida.,
Ereción del obispado y ajustes por la realidad geográfica
El papa León X, considerando en un primer momento el territorio como si formara una isla, erigió el obispado de Yucatán mediante la bula «Sacri apostolatus ministerio» (27 de enero de 1518), bajo el nombre Carolense y bajo la protección de Santa María de los Remedios.,
Cuando la información geográfica se aclaró y se reconoció que Yucatán pertenecía al continente, el desarrollo institucional del obispado sufrió interrupciones: los asuntos se suspendieron y la consolidación efectiva avanzó más tarde, tras reordenaciones en la presencia española y en la organización eclesiástica de Nueva España.
La archidiócesis reconoce una erección en fecha posterior, vinculada al inicio de la residencia episcopal en territorio y a la organización estable de la sede.
Episcopado inicial y consolidación
La Enciclopedia Católica presenta a Julián Garcés como figura de misión episcopal temprana y describe el asentamiento efectivo de la sede residencial con Francisco Toral, franciscano, que tomó posesión el 15 de agosto de 1562 (un año después de su elección) y asistió al primer y segundo concilios mexicanos.,
Entre otros prelados, la misma obra destaca a Marcos de Torres y Rueda por su trayectoria política y eclesial, y a José María Guerra por su actuación durante la guerra de castas, señalando el impacto devastador del conflicto en gran parte del territorio yucateco.
Elevación a archidiócesis
La archidiócesis alcanzó rango metropolitano en el periodo de reorganización eclesiástica de principios del siglo XX: la Santa Sede elevó la sede de Yucatán en 1906.