A lo largo del siglo XX, el vínculo entre el santuario de Luján y la Iglesia universal se manifestó en mensajes y acciones pontificias. El Papa Pío XII, al referirse al cierre de su visita a Argentina, afirma que quiso culminarla «peregrinando» a Nuestra Señora de Luján en el contexto del mes del Santísimo Rosario, pidiendo bendiciones para autoridades y pueblo, y para la sociedad entera.
En el pontificado de Juan Pablo II, el santuario tuvo especial resonancia en la espiritualidad del peregrino. En la homilía de 11 de junio de 1982, el Papa explicó cómo la tradición del santuario coloca sus palabras en el centro mismo de la liturgia, invitando a los peregrinos a mirar el misterio encomendando su camino, mientras el Obispo de Roma permanece «como peregrino» orando a los pies de la Madre de Dios en Luján.
En 1995, Juan Pablo II bendijo una reproducción de la imagen de Nuestra Señora de Luján, subrayándola como Patrona de Argentina, y pidió su intercesión por la santidad de los fieles, el bienestar de las familias y la prosperidad del país «en justicia y paz».
En 2002, al presentarse otra referencia a la imagen de Luján en un contexto eclesial en Roma, se destaca la posibilidad de contemplarla y unirse a la devoción del pueblo argentino, vinculando además esa práctica a la vida pastoral.